Met de inwerkingtreding van de Waterwet wordt de waterbodem als integraal onderdeel beschouwd van het watersysteem. Daarmee valt de waterbodem niet meer onder sectorale wetgeving zoals de Wet bodembescherming. Het saneren van waterbodems en de beoordeling van humane en/of ecotoxicologische risico's van sterke bodemverontreiniging vindt nu plaatst in het kader van de Waterwet. De kwaliteitsdoelen voor het watersysteem die voortvloeien uit de eisen uit de KRW, zijn daarin vastgelegd. De KRW schept het kader voor de bescherming van de kwaliteit van oppervlaktewateren, overgangswateren, kustwateren en grondwater. De doelstellingen van watersystemen, waar waterbodems integraal onderdeel van uit maken, zullen daarbij moeten worden bereikt via de stroomgebiedbenadering. Niebeek adviseert opdrachtgevers bij de concrete uitvoering en invulling van KRW-maatregelen en N2000 herstelmaatregelen om de ecologische waterkwaliteit te verbeteren. Een belangrijke maatregel is hierbij het reduceren van de nalevering van stikstof en fosfaat uit de waterbodem door verwijderen van slib uit he aquatische ecosysteem. Het verwijderen van slib resulteert in een beter doorzicht in het water waardoor waterplanten zich kunnen vestigen dan wel handhaven en het ecosysteem zicht kan herstellen. Het effect van baggeren als maatregelen op de doorzicht is direct (geen opwerveling van slib meer) of indirect (lagere eutrofiegraad/ minder nutriënten waardoor algenbloei wordt beperkt).
